AccueilAccueil>Offres d'emploi

Offres d'emploi

POSTDOCTORAL POSITION IN IMMUNOMETABOLISM IN DIABETES, PARIS, CORDELIERS RESEARCH CENTER

We are seeking a highly motivated and proactive Postdoctoral Researcher to join the research group “Immunity and Metabolism in Diabetes” of Dr. Nicolas Venteclef at the Cordeliers Research Center in Paris, France (http://www.crc.jussieu.fr). This is a fully funded postdoctoral position for 2 years in the first instance, starting ASAP.

Complete Candidate Profile

Post-doctoral position for single cell analysis to study tumor heterogeneity in MEPPOT Team

Keywords: Cancer, single cell analysis, 10x genomics, transcriptome, RNA-sequencing

Complete Candidate Profile
 

2 Postes de techniciens en gestion financière et administrative

- Poste niveau Technicien en CDD (Université Paris Descartes) pour la gestion financière et administrative d'équipes du Centre de Recherche des Cordeliers - UMRS 1138 à partir du 1er mai 2019 (durée CDD 8 mois). Voir fiche de poste.

- Poste de Technicien en gstion financière et administrative d'équipes du Centre de Recherche des Cordeliers - UMRS 1138. Ce pote est ouvert en mobilité interne INSERM uniquement.

Pour les personnes intéressées, elles peuvent prendre contact avec Tarik Rerzki par Email en nous faisant parvenir un CV et une lettre de motivation ou par téléphone : 01 44 27 64 22.

 

Offre d'emploi CDD 6 mois


Mise au point d’un outil combinant l’immunohistochimie et l’analyse d’image permettant la classification des tumeurs dans le cancer du pancréas basé sur l’étude de l’hétérogénéité des fibroblastes


Centre de Recherche des Cordeliers
UMRS 1138 - Inserm, Sorbonne Université, Université Paris Descartes, Université Denis Diderot
Centre d’Histologie d’Imagerie et de Cytométrie
15, rue de l’école de médecine
75270 Paris Cedex 06


Domaine et contexte scientifique


L’histologie se définit comme l’étude microscopique de la structure des tissus des êtres vivants. Elle joue un rôle central en médecine, en assurant le diagnostic de nombreuses pathologies, notamment celui des cancers. Les pratiques classiques font appel à l'immunohistochimie chromogénique (IHC) pour la détection de l’expression de une à deux protéines par coupe de tissu.


La structure du tissu est alors examinée au microscope par un médecin spécialiste en anatomo-pathologie, qui peut alors rendre un diagnostic, et évaluer différents paramètres morphologiques qui vont influencer la prise en charge du malade. Les techniques de routine encore utilisées par les anatomo-pathologistes ne permettent
pas d’avoir accès à l’information révélée par la détection simultanée de multiples marqueurs. Par exemple, elles donnent très peu d’information sur les relations spatiales entres les différents types cellulaires et tissulaires et sur l’hétérogénéité des tissus dans une pathologie.
Aujourd’hui, des techniques bien plus puissantes d’immunohistochimie multiplexées (IHCm) existent. Elles permettent d’étudier l’expression simultanée de six protéines sur la même coupe histologique. Avec l’aide de l’analyse d’image automatisée elles donnent accès à des caractéristiques qui étaient jusqu’alors hors de portée des capacités de perception humaines. Ces techniques offrent par conséquent aux pathologistes, un meilleur aperçu de l’hétérogénéité du tissu tumoral ce qui permet d’établir un diagnostic plus précis.


Objectif du projet

Le but du projet est de développer pour un partenaire privé du Centre d’Histologie, d’Imagerie et de Cytométrie (CHIC) du Centre de Recherche des Cordeliers (CRC) un outil combinant l’IHCm et l’analyse d’image pour la classification des tumeurs dans le cancer du pancréas basée sur l’étude de l’hétérogénéité des fibroblastes. Il s’agira de mettre au point (i) un protocole de marquage en IHCm à 6 couleurs permettant d’identifier 4 sous-types différents de fibroblastes ainsi que leur localisation par rapport à la tumeur, (ii) un protocole d’acquisition des images des lames marquées et (iii) une stratégie d’analyse des images des lames marquées.


Le CHIC dispose des ressources humaines et techniques en adéquation avec le projet :
- Un ingénieur spécialiste de l’imagerie cellulaire et un technicien spécialiste de l’histologie,
- Un automate de marquage (Leica Bond RX), un scanner de lame (ZEISS Axio Scan.Z1) et un microscope à déconvolution spectrale (Mantra™ quantitative pathology workstation PerkinElmer)
- Un logiciel d’analyse d’image de lames virtuelles immunofluorescentes (Visiopharm®) équipé d’un module adapté à l’analyse des images multi-immunofluorescentes.

Les principales étapes du projet seront les suivantes :

Histologie

  • Définir les couples anticorps / fluorochromes
  • Titration des tyramides
  • Validation de la titration des tyramides
  • Multiplexage
  • Validation du 6-plex

Imagerie

  •  Mettre au point le programme d’acquisition des images des lames marquées en 6-plex DAPI sur le Mantra.
  • De développer les programmes nécessaires à l’analyse des images pour définir la proportion relative de chacun des 4 sous-types de fibroblastes.


Tous les deux mois l’avancée des travaux devra être présentée au partenaire privé sous la forme d’une présentation Power Point.


Environnement et cadre de travail
Le CRC est une institution publique, créé le 1er janvier 2007 comptant quatre partenaires : l’Université Paris Descartes, l’Inserm, l’Université Pierre et Marie Curie et l’Université Denis Diderot. Les travaux menés par les 16 équipes de recherche CRC se répartissent entre deux grands axes : « Physiologie et Physiopathologie» et « Cancer, Immunologie, Immunopathologie ». Le projet sera réalisé au sein du CHIC, une des plateformes technologiques du CRC, qui regroupe des activités d’histologie, de cytométrie en flux et d’imagerie. Il apporte aux chercheurs un complément aux approches génétiques et de biologie moléculaire. Le Dr. Maria Chiara Maiuri assure la direction scientifique du CHIC, elle est assistée par un responsable technique et opérationnel le Dr. Estelle Devêvre et chacun des trois plateaux techniques est sous la responsabilité d’un expert : M. Kevin Garbin (responsable du plateau d’histologie), M. Christophe Klein (responsable du plateau d’imagerie cellulaire) et le Dr. Hélène Fohrer-Ting : responsable du plateau de cytométrie et du Management de la Qualité.


Le poste en CDD sera affecté au CHIC et sera encadré par M. Christophe Klein pour la partie imagerie et M. Kevin Garbin pour la partie histologie. Le projet est sous la responsabilité scientifique du Dr. Maria Chiara Maiuri et sera coordonné par le Dr. Estelle Devêvre.

Compétences requises


Outre un intérêt et une forte motivation pour les domaines scientifiques du projet, les compétences requises pour le poste sont les suivantes :
• Connaissance de base en histologie/immunohistochimie (souhaitable)
• Connaissance de base en analyse d’image (souhaitable)
• Bon niveau en statistique et langage R

La ou le candidat devra de plus être capable de travailler en équipe, posséder un grand sens de l’organisation et être très rigoureux.


Compétences développées au cours du CDD
• Immuno-histochimie multiplexées (IHCm) (technologie OpalTM PerkinElmer, utilisation de l’automate de marquage Leica Bond RX)
• Microscopie spectrale (Mantra™ quantitative pathology workstation PerkinElmer)
• Utilisation d’un scanner de lames (ZEISS Axio Scan.Z1)
• Analyse d’image (utilisation des logiciels Visopharm® et PerkinElmer InForm® )
• Mise en forme des données au format d’une publication scientifique
• Communication avec un partenaire « donneur d’ordre » dans le cadre du suivi de l’avancée d’un projet.


Mots clefs : Cancer, Histologie, Microscopie spectrale, Analyse d’image, Partenariat public/privé

Durée du CDD : 6 mois

Personne à contacter :
Estelle Devêvre (PhD, IE INSERM)
CHIC - Responsable technique et opérationnel
Centre de Recherche des Cordeliers
UMRS 1138
Bâtiment de la surélévation - RDC
15 Rue de l'Ecole de Médecine
75270 Paris cedex 06
Email : estelle.devevre@crc.jussieu.fr
Tél : 01 44 27 37 44

 

POST DOCTORAL POSITION IN BIOINFORMATICS / COMPUTATIONAL IMMUNOLOGY

A bioinformatics post-doctoral position is available at the Laboratory of Integrative Cancer Immunology at the Cordeliers Research Centre (Sorbonne University, Paris, France) for working within the frame of a cancer immunology project using system biology approaches. The laboratory has expertise both in biology and bioinformatics (http://www.crc.jussieu.fr/jerome_galon2019.htmlhttp://www.ici.upmc.fr ). Applicants will have a strong background in bioinformatics with expertise in Java, and R, and deep-sequencing analysis. The applicant should have good knowledge of biology, particularly in the fields of cancer and/or immunology. A previous experience in statistics, deep-spatial image analysis, and/or modeling is a plus. The project will involve a close cooperation with other bioinformaticians and biologists.

This position is financed through a post-doctoral grant obtained by the laboratory (INSERM, Paris, France).
This is a three-year Postdoctoral position, to be filled as soon as possible.

To apply, please send a CV, with a brief description of research experience, anticipated available date, and contact information of 2 references, to Dr Jérôme Galon (jerome.galon@crc.jussieu.fr)and to Dr Daniela Bruni (daniela.bruni@crc.jussieu.fr ).

About the employer: 

Dr Jérôme Galon is Research Director at INSERM and head of the Laboratory of Integrative Cancer Immunology at the Cordeliers Research Centre (Sorbonne University, Paris, France) specialized in the fields of Immunology and Oncology. He is associate Director and co-founder of European Academy of Tumor Immunology (EATI), board member of Society for Immunotherapy of Cancer (SITC). His work on the comprehensive analysis of the tumor-microenvironment and the role of T-cells in human cancer led to the demonstration of the importance of adaptive pre-existing immunity in human cancer, and the concept of cancer immune-contexture. He pioneered the Immunoscore. He is the co-founder of HalioDx company and the Chairman of its scientific council. His contributions have been recognized with numerous awards, including the William B. Coley Award, an international prize which honors the best scientists in the fundamental and cancer immunology, and Award from the National Academy of Science and from the National Academy of Medicine.

POST DOCTORAL POSITION IN TUMOR IMMUNOLOGY

A post-doctoral position is available at the Laboratory of Integrative Cancer Immunology at the Cordeliers Research Centre (Sorbonne University, Paris, France) to work within the frame of a cancer Immunology project using system biology approaches (http://www.crc.jussieu.fr/jerome_galon2019.html; http://www.ici.upmc.fr). Applicants must have a strong background in the field of Immunology. The applicant should have good knowledge of biology, particularly in the field of cancer. A previous experience with large-scale approaches, flow cytometry/CyTOF, immunohistochemistry is sought; knowledge of imaging techniques and/or statistics is a plus. The project will involve a close cooperation with other biologists and bioinformaticians.

This position is financed through a post-doctoral grant obtained by the laboratory (INSERM, Paris, France).
This is a three-year Postdoctoral position, to be filled as soon as possible.

To apply, please send a CV, with a brief description of research experience, anticipated
available date, and contact information of 2 references, to Dr Jérôme Galon
(jerome.galon@crc.jussieu.fr) and to Dr Daniela Bruni (daniela.bruni@crc.jussieu.fr).

About the employer:

Dr Jérôme Galon is Research Director at INSERM and head of the Laboratory of Integrative Cancer Immunology at the Cordeliers Research Centre (Sorbonne University, Paris, France) specialized in the fields of Immunology and Oncology. He is associate Director and co-founder of European Academy of Tumor Immunology (EATI), board member of Society for Immunotherapy of Cancer (SITC). His work on the comprehensive analysis of the tumormicroenvironment and the role of T-cells in human cancer led to the demonstration of the importance of adaptive pre-existing immunity in human cancer, and the concept of cancer immune-contexture. He pioneered the Immunoscore. He is the co-founder of HalioDx company and the Chairman of its scientific council. His contributions have been recognized with numerous awards, including the William B. Coley Award, an international prize which honors the best scientists in the fundamental and cancer immunology, and Award from the National Academy of Science and from the National Academy of Medicine.

 

Les Outils