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Offres d'emploi

 

INGENIEUR INFORMATIQUE APPLICATIONS ET SYSTEME

Equipe : "Sciences de l'information au service de la médecine personnalisée",
dirigée par Anita BURGUN

Le Centre ouvre un poste d'Ingénieur Informatique Applications et Système.

Le poste est à pourvoir à partir du 1er septembre 2016.

Le rôle de l'Ingénieur sera de gérer les serveurs de recherche de l'équipe, de faire les préconisations et installations en veillant à la sécurité et à la confidentialité des données et des programmes. L'ingénieur jouera un rôle de référent et de conseil pour les programmes de recherche du Centre comportant un axe de gestion de données. Il/elle devra travailler en collaboration avec les chercheurs de l'équipe d'Anita Burgun pour assurer la qualité des développements informatiques, leur interopérabilité, leur cohérence, leur documentation et leur maintenance. A ce titre, l'ingénieur assurera un rôle d'encadrement des doctorants et post doctorants sur le plan technique. Il/elle pourra développer une activité de recherche et développement au sein de l'équipe sur des thématiques d'informatique biomédicale.

Nous recherchons un candidat alliant des qualités relationnelles et des compétences techniques.
  

Contact: Anita Burgun

Adresse:
Anita BURGUN
Equipe: Science de l'Information au service de la médecine personnalisée
Centre de Recherche de Cordeliers, UMRS 1138
15 rue de l'Ecole de Médecine
75006 Paris

 

 

  

BIOINFORMATICS POSITION FOR PROJECT INVOLVING TRANSRIPTOMIC (RNA Seq), CISTROMIC, EPIGENOMIC (ChIP-seq) AND STATISTICS


Paris, France
Type de poste:
CDD ›Post-doc / IR
Durée du poste: 2 years
Date de début: Spring 2016
Ville: Paris

Laboratoire:
 Inserm U 1138_Centre de Recherche des Cordeliers
T2D Pathogenesis : Cellular and Clinical Aspects
http://www.crc.jussieu.fr

Adresse:
Inserm U1138, Team « T2D Pathogenesis : Cellular and Clinical Aspects»
Centre de Recherche des Cordeliers
15 rue de l’école de Médecine
15006 Paris
Metro Odeon

Date limite de candidature: Je, 31/01/2016
Nom du contact: Nicolas Ventelcef
Email du contact: nicolas.venteclef@upmc.fr

Description du poste:

A 2 year postdoctoral/engineer position will be open in spring 2016 in the T2D pathogenesis Team of the Cordelier Research Center in Paris, France.

The position is aimed at a bioinformatician capable of taking charge of the computational aspects of a project to infer biologically coherent hypotheses regarding cistrome/epigenome profiles with a health-relevant role in diabetes and obesity (human and mouse). Data types include RNA-seq and ChIP-seq profiles of the target tissue and clinical parameters related to the disease condition.
 
Biological researchers in the unit have (and will) prepared and collected all samples (human and mouse) with associated clinical/metabolic parameters. This project begins with the computational processing and analysis of raw data files. Analysis methods must be adapted and refined as well as employed and results must be rigorously analyzed for biological meaning. Normalized tables from your analyses will be used to develop statistical methods in collaboration with lmathematicians/bioinformaticians from our industrial partner. However, we are actively seeking someone with experience in the genomics aspect of the project to serve as computational project leader. In summary, the following bioinformatic and social skills will be required of the successful candidate:
- Transcriptomics: microarrays and RNAseq
- Cistromic/epigenomic : ChIP-seq
- Tight interactions with biologists from the institute
- Tight interactions with mathematicians and statisticians from partners
 
The INSERM is the only French public research institute that is completely focused on human health. (http://english.inserm.fr). The Cordelier Research Centre (CRC) is a center of 16 different research teams working on Cancer and Metabolism. For more information, please visit the website of the institute : http://www.crc.jussieu.fr

Requirements:
- PhD in relevant discipline (computer science, molecular biology, biostatistics, mathematics or bioinformatics) and relevant, real-life experience
- Excellent programming/data analysis skills (with a preference for R).
- Familiarity with the fundamentals of molecular biology and willingness to learn biological concepts related to human health
- Enthusiasm and independence as well as the ability to work with others from different disciplines (biology, computation, mathematics/statistics).
- Must be able to read, speak and write in the English language.
 
Preference will be shown to candidates that also have experience with ChIP-seq data analyses.
 
This is an extremely challenging project that requires an individual with the motivation to lead the project, the desire to challenge existing pipelines and establish new analysis methods, the drive to explore the data and search for knowledge as well as the independence to successfully complete the project in a largely solitary manner. But we have the data and preliminary results are promising so for the right candidate, this can be a very successful project.
 
Start Date: May-September 2016.
Salary Range: commensurate with experience.
To apply, please send cover letter, list of publications and CV to: nicolas.venteclef@upmc.fr



 

OFFRE DE MOBILITE INDIVIDUELLE D’UN CHERCHEUR STATUTAIRE

Corps demandé: Chargé de Recherches
Disciplines:
Génétique moléculaire
Physiopathologie de la nutrition
Méthodologie:

Physiologie, Génomique fonctionnelles 

Missions / thème de recherche proposé:

Développement d’une thématique de recherche visant à identifier des biomarqueurs prédictifs ou associés aux maladies cardiométaboliques (diabète, obésité, hypertension) par des approches de génétique et de génomique fonctionnelle. Etude du rôle de mécanismes épigénétiques (screening du methylome et de l’acetylome) et du microbiote intestinal (architecture et fonction biologique de la flore bactérienne intestinale) dans les régulations métaboliques de l’hôte à travers des approches expérimentales chez des modèles animaux et des études translationnelles chez l’Homme. Ce projet a pour objectifs de comprendre les relations causatives entre changements de la flore bactérienne intestinale, interactions entre gènes et environnement et régulation de l’expression du génome. Il poursuit des travaux avancés au laboratoire (Atanur et al. Cell 154:691-703, 2013 ; Kaisaki et al. PLoS ONE 9:e94555, 2014 ; Baud et al. Nature Genetics 45:767-75, 2013)

  

Fiche de poste détaillée

 

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