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Immunologie et Cancérologie Intégratives

Nous supposons que les approches utilisant la biologie intégrative apporteront une meilleure connaissance de l'interaction locale entre les composants immunitaires et les cellules tumorales. En particulier, notre projet de recherche se concentre sur l'analyse de la réponse immunitaire contre le cancer avec des aspects fondamentaux et cliniques.

L'objectif de ce projet est d'innover en matière de recherche clinique en oncologie en se basant sur une meilleure compréhension du microenvironnement tumoral et de la dynamique de la réponse immunitaire chez l'homme, en utilisant des méthodes haut débit, des nouvelles technologies et des approches de biologie intégrative.

Nous sommes ouverts aux collaborations avec des équipes à thématiques variées telles que l'immunologie, l’oncologie, les mathématiques, l'informatique, la bioinformatique, la chimie, la physique, la génétique, la microbiologie Des chercheurs ou étudiants de ces disciplines sont les bienvenus pour rejoindre notre équipe et s'attaquer à des questions ambitieuses comme:

  • Le système immunitaire est-il important contre le cancer et quelle réaction immunitaire serait requise?
  • Comment évolue la réponse immunitaire de l'hôte contre le cancer pendant la progression de la tumeur?
  • Existe-il un lien corrélatif ou de causalité entre la réaction immunitaire intra-tumorale et le développement de la tumeur?
  • Pourquoi la présence de cellules T mémoires est-elle pronostique? Pourquoi la tumeur primaire n'est-elle pas éliminée par le système immunitaire??
  • Quels évènements immunitaires ou tumoraux conduisent à une réponse immunitaire inadéquate au contrôle du développement de la tumeur?
  • Quels sont les mécanismes d'échappement au système immunitaire dans le cancer humain?
  • Comment identifier les patients de mauvais pronostic qui pourraient bénéficier de traitement adjuvant?
  • Pouvons nous établir une classification immunitaire des patients atteints de cancer?
  • Comment développer des immunothérapies efficaces contre le cancer?

 Nous avons développé un réseau multi-disciplinaire regroupant des chercheurs en immunologie et en oncologie, des équipes de cliniciens et de bioinformaticiens. Une compréhension globale du cancer requiert l'intégration et l'analyse génomique, protéomique, transcriptomique, moléculaire, cellulaire et données cliniques justifiant l'utilisation de la bioinformatique. De nos jours, la bioinformatique a un rôle essentiel dans le déchiffrage des données générées par les technologies expérimentales à haut débit et dans l'organisation d'informations recueillies de la biologie et de la médecine traditionnelle.

Les bioinformaticiens du laboratoire ont créé des bases de données spécifiques (i) pour les données cliniques et biologiques (ii) pour les puces à ADN (iii) et des logiciels pour les analyses complexes et la visualisation des données, dont les logiciels ClueGO et CluePedia.

Le laboratoire de recherche est localisé au Centre de Recherche des Cordeliers (Paris), et nous avons crée un laboratoire translationel, localisé à la plateforme d’immunomonitoring de l'Hôpital Européen Georges Pompidou, (Paris).

Découvertes majeures: 

Contexture Immunitaire :

 En utilisant des approches de biologie des systèmes, le laboratoire a développé une analyse globale de la réaction immunitaire au site de la tumeur, et nous avons découvert l'importance de la nature, de l'orientation fonctionnelle, de la densité et de la localisation des populations de cellules immunitaires dans la tumeur. Nous avons défini ces 4 paramètres comme la contexture immunitaire (Galon et al. Res Cancer 2007). Nos données révèlent que la contexture immunitaire au site de la tumeur détermine l'évolution du cancer quel que soit le degré de propagation de la tumeur. Nous avons ainsi pu caractériser le paysage immunitaire dans les cancers humains (Bindea et al. Immunity 2013).
Nous avons montré qu'une forte densité de lymphocytes T mémoires (CD45RO) corrèle avec l'absence d'invasion métastatique précoce (VELIPI). Nos analyses révèlent l’importance de la contexture immunitaire sur les résultats cliniques à tous les stades de la maladie, y compris les patients atteints de cancer à des stades précoces de la maladie. Cela n'avait jamais été montré dans une tumeur humaine. L’importance de la réaction immunitaire change la compréhension de l'évolution de cancer et pourrait avoir des conséquences importantes dans la pratique clinique.

Publications principales :

(N Engl J Med, 2005 ; Science, 2006 ; Cancer Res 2007 ; Gastroenterology 2009 ; Bioinformatics 2009 ; Cancer Res 2009 ; Cancer Res 2011 ; Curr Op Immunol 2010 ; Curr Op Immunol 2011 ; Nature Rev Cancer 2012, Curr Op Immunol 2013, Immunity 2013a, Immunity 2013b, Science Transl Med 2014).

Immunoscore:

Nous avons découvert que la caractérisation de la réaction immunitaire adaptative qui était un meilleur prédicteur de la survie des patients, en comparaison à la classification traditionnelle basée sur la taille et la propagation d'un cancer. En particulier, l’Immunoscore pourrait conduire à une refonte de la classification actuelle des cancers colorectaux pour prédire le pronostic, et pour redéfinir les groupes de patients à haut risque de récidive qui pourraient bénéficier d'un traitement adjuvant (y compris immunothérapeutique). Cette classification immunitaire a une valeur pronostique qui est supérieure à la classification AJCC/UICC TNM. L'invasion tumorale a été démontré être statistiquement dépendant de la réaction immunitaire (Immunoscore) de l'hôte. En effet, l’Immunoscore reste le seul critère significativement associé à la survie globale, et a conduit à un éditorial intitulé « classification TNM dans le cancer colorectal : T est pour des cellules T et M est pour la mémoire " accompagnant notre article original (Mlecnik et al. JCO 2011). Nos études montrent l'utilité potentielle d'étendre ce concept et ces techniques à l ‘analyse de toutes les tumeurs malignes. Des informations sur le Immunoscore peuvent être trouvé à : http://www.immunoscore.org

Publications principales:

(Inserm Patent 2005, 2010, 2011, 2012 ; N Engl J Med, 2005 ; Science, 2006 ; J Clin Oncol 2009 ; J Clin Oncol 2011 ; J Transl Med 2012 ; J pathol 2014).

Bioinformatique :

Nous avons développé de nouveaux logiciels d’analyse bioinformatique, dont: ClueGO et CluPedia.
Des informations sur ces logiciels peuvent être trouvé à : http://www.ici.upmc.fr

  • Bindea G, et al. Bioinformatics. 2009
    ClueGO Software downloaded >24,000 times worldwide (top1) 
  • Bindea G, et al. Bioinformatics. 2013
    CluePedia Software downloaded >12,000 times worldwide (top5)

 

 HalioDx – Société de biotechnologie

Co-fondateur : Jérôme Galon
www.haliodx.com

La vision de HalioDx est de créer un leader du diagnostic spécialisé en immuno-oncologie, le segment émergent du marché du diagnostic moléculaire du cancer (MDx). Dr Jérôme Galon est un co-fondateur de HalioDx. Les co-fondateurs sont des cadres ayant une grande expérience du management de l’industrie du Diagnostic (Ipsogen, Qiagen), et de l’industrie Pharmaceutique.


Dr. Jérôme Galon – co-fondateur de HalioDx

 

 

 

 Responsable de l’équipe : Jérome GALON (DR1)

Membres de l’équipe : Anne BERGER (Pr), Christine LAGORCE (Dr), Franck PAGES (Pr), Guy ZEITOUN (Pr)
Samira BERRY (Tec), Bénédicte BUTTARD (Ing), Tessa FREDRIKSEN (Ing),  Lucie LAFONTAINE (Tec), Florence MARLIOT (Ing).
Mihaela ANGELOVA (Doc), Gabriela BINDEA (Post‐Doc), Pauline MABY (Post‐Doc), Bernhard MLECNIK (Post‐doc), Marc VAN DEN EYDE (Doc), Angela VASATURO (Post-Doc).

Administration : Mehdi BENNACI, Esther PEROUMAL  

Contact : 33 1 44 27 90 85 

Site web du laboratoire : http://www.ici.upmc.fr 
Autres liens :  http://www.immunoscore.org


Publications sélectionnées

  • Mlecnik B, Bindea G, Angell HK, Sasso MS, Obenauf AC, Fredriksen T, Lafontaine L, Bilocq AM, Kirilovsky A, Tosolini M, Waldner M, Berger A, Fridman WH, Rafii A, Valge-Archer V, Pagès F, Speicher MR, Galon J. Functional network pipeline reveals genetic determinants associated with in situ lymphocyte proliferation and survival of cancer patients. Science Transl. Med. 2014 Mar 19;6(228).
  • Galon J*, Mlecnik B, Bindea G, Angell HK, Berger A, Lagorce C, Lugli A, Zlobec I, Hartmann A, Bifulco C, Nagtegaal ID, Palmqvist R, Masucci GV, Botti G, Tatangelo F, Delrio P, Maio M, Laghi L, Grizzi F, Asslaber M, D'Arrigo C, Vidal-Vanaclocha F, Zavadova E, Chouchane L, Ohashi PS, Hafezi-Bakhtiari S, Wouters BG, Roehrl M, Nguyen L, Kawakami Y, Hazama S, Okuno K, Ogino S, Gibbs P, Waring P, Sato N, Torigoe T, Itoh K, Patel PS, Shukla SN, Wang Y, Kopetz S, Sinicrope FA, Scripcariu V, Ascierto PA, Marincola FM, Fox BA, Pagès F. Towards the introduction of the Immunoscore in the classification of malignant tumors. J Pathol. 2014 Jan;232(2):199-209.
  • Bindea G,  Mlecnik B, Tosolini M, Kirilovsky A, Waldner M, Obenauf AC, Angell HK, Fredriksen T, Lafontaine L, Berger A, Bruneval P, Fridman WH, Becker C, Pagès F, Speicher MR, Trajanoski Z, Galon J. Spatio-temporal dynamics of intratumoral cells reveal the immune landscape in human cancer. Immunity. 2013 Oct 17;39(4):782-95.
  • Galon J, Angell HK, Bedognetti D, and Marincola F. The continuum of cancer immunosurveillance: prognostic, predictive and mechanistic signatures. Immunity. 2013 July 39(1), 11-26 (IF: 20.72).
  • Galon J, Costes A, Sanchez-Cabo F, Kirilovsky A, Mlecnik B, Lagorce C, Tosolini M, Camus M, Berger A, Wind P, Zinzindohoue F, Bruneval P, Cugnenc P-H, Trajanoski Z, Fridman W-H, Pages F. Type, density, and location of immune cells within human colorectal tumors predict clinical outcome. Science 2006.313:1960-4.
  • Pagès F, Berger A, Camus M, Sanchez-Cabo F, Costes A, Molidor R, Mlecnik B, Kirilovsky A, Nilsson M, Damotte D, Meatchi T, Bruneval P, Cugnenc PH, Trajanoski Z, Fridman WH, Galon J. Effector memory T cells, early metastasis, and survival in colorectal cancer. N Engl J Med. 2005 Dec 22;353(25):2654-66.

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Lien vers PubMed 

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